GERD, die gastroösophageale Refluxkrankheit, ist neben Karies und der Helicobacter-pylori-Infektion die häufigste Erkrankung des oberen Verdauungstrakts.
Die Diagnose ist nicht trivial, und in der Therapie sind PPI oft, aber nicht immer die erste Wahl.

Medikamente können Reflux fördern oder die Ösophagusschleimhaut auch direkt schädigen. Refluxfördernd sind zum Beispiel Calciumantagonisten und Nitrate, während zum Beispiel Kalium und Bisphosphonate direkte Schäden setzen können. Aus diesem Grund sollte die Komedikation immer sorgfältig geprüft werden.

PPI hemmen die Säureproduktion. Aus dieser erwünschten Wirkung lassen sich einzelne unerwünschte Wirkungen erklären. Diese betreffen die Resorption von Eisen und Vitamin B12 sowie von L-Thyroxin bei einzelnen Patienten, sodass gelegentliche Kontrollen sinnvoll erscheinen. Darüber hinaus steigt das Risiko für gastrointestinale Infektionen geringfügig. Auch wird das Darmmikrobiom verändert. Interaktionen im Lebermetabolismus kommen vor; ob diese klinisch relevant sind, konnte bisher nicht schlüssig belegt werden.